2021年9月，沧州市人民政府与中国农业科学院签署合作协议，由中国农业科学院农产品加工研究所与沧州市农林科学院共同组建中国农业科学院农产品加工与营养健康研究院（沧州）（以下简称“加工研究院”）。2023年6月，加工研究院完成事业单位登记注册。同年9月，加工研究院领导班子正式成立，并按照“边科研，边建设”原则投入运行。

加工研究院以“政府引导、企业参与、以产定研、合作共赢”为工作原则，以“产业问题靶向攻关,科技成果就地转化”为工作方针，按照“沧州急需、省内领先、国内一流”的工作要求，重点围绕京津冀特别是河北省的特色农产品资源，开展农产品初加工、精深加工和综合利用研究，推进农产品多元化开发、多层次利用、多环节增值，助推河北省乃至京津冀农产品加工产业提档升级。

加工研究院现有工作人员73人，其中，高级职称研究人员33人，超过85%的职工具有硕、博士学位。内设综合部、条件财务部和科研与成果转化部3个管理部门，以及旱碱麦加工与制品创新研发中心、功能性食品研发中心、果蔬食品制造与营养健康研发中心、水产品加工与综合利用技术研发中心、肉类食品供应链品质管控技术研发中心和食品生物制造研发中心等6个研发中心。目前，建有国家盐碱地综合利用技术创新中心旱碱麦特色产业创新基地、绿色食品（绿色优质农产品）高质量创新发展全国技术中心、河北省旱碱麦加工技术创新中心、河北省盐碱地植物高值化中试熟化基地等科研平台；承担中央引导地方科技发展资金项目、省重点研发项目、省自然基金项目等各类科研项目20项。